必須給每種生物工程設(shè)計出最適宜的容器系統(tǒng)，而且對 在容器里發(fā)生的生物過程，能進行監(jiān)測和控制。這種容器系 統(tǒng)就是發(fā)酵罐，它為生物催化劑提供一個物質(zhì)環(huán)境，使其在 那里與底物發(fā)生相互作用。發(fā)酵罐種類很多，從簡單的攪拌 罐到裝配不同水平計算機輸入信號的復(fù)雜整合系統(tǒng)。有兩種 不同類型的發(fā)酵罐或容器系統(tǒng)。
第一種主要是非無菌的，不 絕對要求用嚴(yán)格純培養(yǎng)的微生物來工作，例如釀酒、面包酵 母的生產(chǎn)、排水處理系統(tǒng)等。
第二類是生產(chǎn)這些化合物，要 求嚴(yán)格無菌操作，例如杭菌素、氛基酸、多糖和單細(xì)胞蛋白 的生產(chǎn)，在這類發(fā)酵罐中必須排除異種微生物，這使工程建 設(shè)和操作都遇到一些麻煩。
不論哪種發(fā)酵罐，主要目標(biāo)還是使生物的生長和生物生 產(chǎn)的某一產(chǎn)物，處于最佳狀態(tài)。為了達(dá)到這一目的，必須設(shè) 計出最適宜的培養(yǎng)條件，包括下列各項:有能源，有滿足生 物需要的主要營養(yǎng)物質(zhì)，在培養(yǎng)基中沒有起抑制作用的化合 物，接種可靠以及級最有利的物理化學(xué)條件等